Sumber utama tentang hidup dia berasal daripada karya-karya Prokopios, yang hidup sezaman dengan dia. Prokopios ialah ahli kumpulan tentera yang diketuai oleh Belisarius, ketua panglima perang Justinianus dan pegawai beliau yang paling dikenali disebabkan oleh karya Prokopios.[41] Prokopios menggambarkan Theodora dengan tiga cara yang berbeza. Dalam karyanya Perang-perang Justinianus, diselesaikan sekitar tahun 545, beliau menggambarkan dia sebagai seorang wanita berani yang telah membantu Justinianus dalam usahanya untuk mendapatkan takhta.

Kemudian, beliau menulis sebuah buku berjudul Sejarah Rahsia. Sesetengah orang berpendapat bahawa buku itu mempamerkan kekecewaan beliau dengan Maharaja Justinianus, maharani, dan juga penaungnya, Belisarius. Dalam buku itu, Justinianus digambarkan kejam, mudah disogok, boros dan tidak cekap. Buku itu juga menggambarkan Theodora dengan terperinci, bercakap banyak tentang sifat bengis, negatif dan tingkah laku seksual bebasnya.

Bangunan-bangunan Justinianus karya Prokopios, yang mungkin ditulis selepas buku Sejarah Rahsia, memuji Justinianus dan Theodora, menggambarkan mereka sebagai pasangan yang beragama dan baik hati. Buku ini juga membincangkan tentang kecantikan Theodora. Walau bagaimanapun, perlu dinyatakan bahawa Theodora telah pun meninggal dunia semasa buku itu diterbitkan. Sementara itu, Justinianus masih hidup dan mungkin yang meminta buku itu ditulis.[42]

Ioannes dari Efesus yang hidup sezaman dengan Theodora menulis tentang dia di dalam bukunya yang berjudul Kehidupan Santo-santo Timur dan menyebut tentang seorang anak perempuan luar nikah.[43] Teofanes si Pengaku juga menuliskan tentang beberapa orang lain yang sekeluarga dengan Theodora yang Prokopios tidak sebutkan. Viktor Tunnuna ada menyentuh bahawa Theodora mempunyai pertalian keluarga dengan maharani yang seterusnya, Aelia Sofia.

Menurut catatan sejarah oleh Mikhael dari Syam, Babad 1234, dan Bar Hebraeus, Theodora berasal dari kota Daman berdekatan dengan Kallinikos, Syria. Penceritaan mereka berbeza, mendakwa Theodora ialah anak kepada seorang paderi dan diajar agama Miafisitisme sejak muda. Ini adalah sumber-sumber yang terkemudian mazhab Miafisitisme. Mazhab mereka menganggap Theodora sebahagian daripada komuniti mereka. Ini juga bentuk alternatif versi yang diceritakan oleh Ioannes dari Efesus.[44] Ramai sarjana moden lebih mempercayai Prokopios daripada versi alternatif ini.[43]

Kritikan terhadap Prokopios

Ramai ahli sejarah yang muncul dalam beberapa puluh tahun kebelakangan ini mengatakan bahawa kita tidak boleh mempercayai Prokopios sepenuhnya tentang Theodora dan pengaruhnya dalam sejarah.

Prokopios dipercayai sekepala dengan ramai senator yang tidak bersetuju dengan perubahan dan dasar yang Justinianus dan Theodora gubal. Prokopios menegaskan di dalam Sejarah Rahsia (12.12-14) bahawa ramai dalam golongan senator "dicekik" oleh pemungut cukai kerana dasar-dasar Justinianus (dan Theodora) untuk mengutip dan mengambil hartanah dan perabot orang kaya, kemudian dengan "murah hatinya" memberikan kembali hartanah yang dikenakan cukai tinggi kepada pemilik asalnya.[45] Pada satu tahap, Prokopios sehingga membandingkan pemerintahan Justinianus dengan wabak bubon (6.22-23), mengatakan wabak itu lebih baik kerana separuh populasi terselamat, tidak seperti dengan pemerintahan Justinianus.[46]

Dalam Sejarah Rahsia, pemerintahan Justinianus dan Theodora dikritik oleh Prokopios sebagai sangat jauh daripada pemerintahan pemimpin yang "baik". Mereka digambarkan amat berbeza dari segi emosi dan kuasa. Justinianus sentiasa tenang, "mesra dan baik hati"—walaupun sedang mengarahkan harta orang dirampas atau dimusnahkan. Sebaliknya, Theodora digambarkan tidak rasional dan panas baran, kadangkala kerana perkara remeh-temeh atau sindiran. Contohnya, Prokopios menceritakan dua insiden berasingan yang mana semasa prosiding mahkamah dia menuduh lelaki-lelaki yang dituduh melakukan hubungan homoseksual. Perbuatan ini dilihat tidak elok kerana dia seseorang yang dipandang tinggi, dalam penceritaan Prokopios, tidak disukai penduduk Konstantaniah. Apabila satu tuduhan itu dihakimi tidak berasas, Prokopios menulis bahawa seluruh bandar bergembira.[47]

Seorang penyelidik percaya bahawa penulisan Prokopios dalam Sejarah Rahsia seolah-olah menceritakan bahayanya wanita berkuasa. Prokopios, yang berkefahaman tradisional, berpendapat bahawa wanita akan merosakkan kebolehan kepimpinan lelaki yang baik dengan tipu muslihat mereka. Prokopios memberikan dua contoh penglibatan Theodora dalam hal ehwal luar negeri Empayar Byzantium untuk menyokong pandangannya. Pertama, Theodora dipetik di dalam surat kepada duta Parsi menyatakan yang Maharaja Justinianus tidak akan membuat apa-apa tanpa keizinan Theodora. Raja Parsi menggunakan ini sebagai contoh kepada pembesar-pembesarnya untuk menunjukkan mereka sebuah negara yang gagal kerana tiada “negara sebenar dapat wujud jika ia diperintah oleh seorang perempuan.” Kedua, raja Goth bernama Theodahad menyatakan di dalam sepucuk surat kepada Theodora yang mengesahkan bahawa "awak meminta saya beritahu awak dahulu kalau ada apa-apa yang saya nak tanya yang mulia raja, iaitu suami awak." Maharaja Justinianus sendiri juga dikatakan, sebelum menyebutkan perintah, telah membincangkannya dengan “permaisuri kita yang paling agung yang Tuhan telah berikan kepada beta.” Semua petikan ini melanggar kelakuan yang Prokopios menganggap patut. Bukannya perempuan tidak boleh memimpin sebuah empayar—Prokopios percaya bahawa hanya perempuan yang mempunyai sifat-sifat dan kebolehan maskulin sahaja patut memimpin. Theodora tidak menjadi serba boleh atas usaha sendiri tetapi kelemahan Justinianus yang membuatkan Theodora nampak berkebolehan.[48]

Maksud kelakuan "feminin" yang digunakan pada abad ke-6 oleh Prokopios tidak sama dengan bagaimana penulis moden menggunakannya. Kelakuan "feminin" pada abad ke-6 bersifat "bermuslihat", "menyampuk" dan sebagainya menurut pengkaji Averil Cameron. Prokopios tidak menganggap Theodora membantu pelacur-pelacur yang "insaf" satu tindakan baik hati; sebaliknya ia satu lagi usahanya untuk mengganggu status quo yang membuatkan Prokopios berasa jelik. Inilah juga mengapa beliau menyertakan ucapan dia semasa pemberontakan Nika, yang mana Theodora menyampuk majlis lelaki saat mereka ingin melarikan diri daripada perusuh. Niat Prokopios menceritakannya adalah untuk menunjukkan bahawa Theodora melanggar kelaziman masyarakat.[49] Prokopios ialah seseorang yang kuat berpegang pada adat. Menurut Dr. Henning Börm, Kursi Sejarah Purba di Universiti Rostock di Jerman, Prokopios menganggap masyarakat sebagai hierarki: kedudukan manusia lebih tinggi daripada haiwan, orang merdeka lebih tinggi daripada hamba, lelaki lebih tinggi daripada sida-sida, dan lelaki lebih tinggi daripada wanita. Setiap kali Prokopios mengkritik seseorang kerana melanggar peraturan ini, beliau hanya mengikut norma pada masa itu.[50]

Walaupun Prokopios dikira sebagai seorang ahli sejarah kontemporari tetapi sering berat sebelah, membesar-besarkan cerita dan mengulangi khabar angin tidak senonoh (berbanding ahli sejarah lain dari eranya), beliau telah menggambarkan bagaimana nilai-nilai dan kelaziman pada zaman itu sedang berubah, daripada menulis tentang biografi hidup dan perwatakan Theodora semata-mata.[18] Contohnya, menggambarkan Justinianus dan Theodora sebagai syaitan di dalam Sejarah Rahsia mencerminkan apa yang rakyat percaya pada ketika itu. Kejadian yang tidak dapat dijelaskan bermakna ia hasil daripada ketentuan ilahi atau angkara syaitan. Apabila Prokopios tidak dapat menjelaskan tindakan Maharaja dan Maharani menurut kepercayaannya, beliau kembali menggunakan pengaruh luar sebagai satu-satunya penjelasan yang munasabah.[51]

Menggelar Prokopios sebagai ahli sejarah itu tidak sesuai menurut perspektif Averil Cameron, seorang penyelidik. Dalam pandangan beliau, Prokopios lebih tepat disebut sebagai seorang wartawan. Prokopios lebih berfokus pada peristiwa dan rincian daripada menganalisis motif dan penyebabnya. Oleh sebab ini, cara Prokopios menerangkan sesuatu menjadi kurang bernuansa; dan apa yang berlaku adalah hitam putih. Selain itu, sikap keras kepala dan menentang Prokopios terhadap perubahan juga menyebabkan dia kurang dipercayai apabila cuba memahami sebab sesuatu kejadian berlaku dengan lebih mendalam.[52] Ini juga mungkin menjelaskan mengapa Prokopios dalam penulisan beliau amat berbeza berbanding catatan pengarang-pengarang kontemporari yang lain dalam menceritakan kehidupan sehari-hari. Sementara penulis-penulis lain menceritakan pertelingkahan agama antara mazhab dan usaha kerajaan untuk menenangkan mereka, Beliau sangat fokus pada politik sehingga hal ini menghalang beliau memberikan pandangan yang objektif dan adil. Akibatnya, Justinianus dan Theodora digambarkan sebagai karikatur. Dengan membesarkan kekurangan mereka dan mengabaikan kejayaan mereka, pembaca mungkin akan menilai mereka sebagai orang baik atau orang jahat.[53]